Stagiunea 1998-99 este ultima cu Simionaş pe banca tehnică (locul 6 la final), iar la rând vin clasări inferioare: poziţia a noua (ediţia 1999-00) şi a 12-a (2000-01), OŢELUL evitând în ultimul moment retrogradarea. Campionatul 2001-02, cu un retur excelent orchestrat de pe margine de fosta glorie a Stelei Marius Lăcătuş, aduce Galaţiul pe locul 5. Senzaţia a fost că, în cazul în care nu se pierdeau anumite puncte, OŢELUL putea ataca treapta întâi a clasamentului! Sezonul se încheie cu plecarea în grup a preşedintelui Stoica, antrenorului Lăcătuş şi a opt dintre jucătorii de bază ai echipei. În fruntea grupării „roş-alb-albastre” este numit Igor Pârvu, ca tehnician vine fostul fotbalist Costel Orac, însă subţirimea lotului atrage o retrogradare dramatică. OŢELUL a disputat barajul de menţinere în prima ligă şi, după 2-1 pe teren propriu cu FC Bihor, pierde în prelungiri, în Ardeal, scor 1-3. Căderea la matineu avea să dureze însă numai o lună, fuziunea celor două grupări prahovene de primă divizie, Astra şi Petrolul, eliberând un loc în eşalonul superior. Cu un nou preşedinte, Nicolai Boghici, şi cu jucători adunaţi în ultimul moment, OŢELUL redevine spaima formaţiilor din Capitală. La mijlocul sezonului 2003-04, la Dunăre este adus ca antrenor principal olteanul Sorin Cârţu, ultimul tehnician care a câştigat titlul naţional cu o formaţie din provincie (Universitatea Craiova). OŢELUL termină anul pe treapta a cincea şi dispută finala Cupei României, pe care o pierde în faţa lui Dinamo Bucureşti, scor 0-2. Iată echipa utilizată pe 6 iunie 2004, ziua finalei: Cornel Cernea – Daniel Munteanu, Gheorghe Rohat, Sorin Ghionea – Cornel Dobre, Cosmin Mărginean, Ciprian Danciu (41’ Decebal Gheară), Iulian Apostol (60’ Augustin Călin), Ştefan Nanu – Bogdan Aldea, Dănuţ Oprea (70’ Mircea Ilie). 

A patra prezenţă a OŢELULUI în Cupa UEFA se derulează în toamna anului 2004. Cu propriul stadion în renovare şi arena „Dunărea” sub standardele cerute de UEFA, echipa este „plimbată” la Constanţa. Mai întâi, pe 15 iulie, cu Dinamo Tirana din Albania, într-o partidă câştigată de la pauză: 4-0 (goluri Cristian Negru 10’, Ştefan Nanu 17’, Victoraş Iacob 26’, Iulian Apostol 44’). În retur, pe 29 iulie, „oţelarii” se impun cu 4-1, marcatori fiind Danciu (21’ din penalti, 80’), Rohat (37’) şi Aldea (69’). În turul II preliminar, faptul că OŢELUL n-a putut juca în faţa propriilor suporteri a contat în economia calificării: 0-0 la Constanţa (12 august) şi 0-1 la Belgrad (26 august), cu Partizan. În cele patru meciuri europene, în afara nucleului etalat în finala Cupei României, au mai apărut la OŢELUL: Ciprian Mozacu, Cristian Crăciun, Silviu Izvoranu, Ionuţ Dragomir.

Rămas principal finanţator al echipei, Combinatul Siderurgic Galaţi (devenit între timp SiDEX SA, ISPAT SIDEX şi MITTAL STEEL) şi-a manifestat în iarna 2004-05 intenţia de a se implica şi mai mult în destinele OŢELULUI. Campionatul respectiv găseşte formaţia dunăreană pe locul 8, cu Viorel Anghelinei preşedinte, Cătălin Tofan vicepreşedinte şi Mihai Stoichiţă ca antrenor. Turul stagiunii 2005-06 este cel mai chinuit din istoria de prim eşalon a clubului, când se acumulează numai 9 puncte, însă revenirea lui Marius Stan ca director general, angajarea tehnicianului Petre Grigoraş şi transferarea unui „tren de fotbalişti”, 18 la număr, salvează situaţia. OŢELUL termină întrecerea pe locul 9, reuşind cel mai bun retur pe teren străin din întreaga sa existenţă (7 victorii din 8 partide susţinute în deplasare).

În 2007 avea să vină şi singurul trofeu din istoria clubului, Cupa UEFA Intertoto, după un traseu ireproşabil (0-0, 3-0 cu Slavia Sarajevo, 2-1, 2-1 cu Trabzonspor)! Imediat după acest succes, „oţelarii” eşuează în UEFA cu Lokomotiv Sofia (1-3, 0-0). Poarta către Europa a rămas deschisă şi în 2008, dar numai intervenţia abuzivă a comisiilor federale a făcut ca Oţelul să rămână acasă. Roş-alb-albaştrii au fost trecuţi de pe 7 pe locul 8, iar în Intertoto, implicit UEFA, s-a dus FC Vaslui.
Următorul sezon a fost unul modest, ocuparea locului 12 obligând conducerea clubului să tragă linie şi să fixeze o nouă ţintă în 2009-2010: revenirea în cupele continentale! În vara lui 2009, FC Oţelul s-a despărţit de Petre Grigoraş, antrenorul ultimilor trei ani şi jumătate, şi l-a angajat pe fostul internaţional Dorinel Munteanu, fotbalistul român cu cele mai multe prezenţe în naţionala de seniori a României!